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Stéphane Bazot

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Maître de conférences

Maître de conférences

Adresse :

  • Laboratoire Ecologie, Systématique et Evolution
  • Team Ecophysiologie Végétale
  • Université Paris-Sud, Bât 362
  • 91405 ORSAY Cedex



Contact :

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Activités de recherche

Depuis 2007 mes principales activités de recherche peuvent se résumer comme décrit ci-dessous :

Etude du fonctionnement azoté et carboné dans les écosystèmes forestiers

L’objectif des travaux actuellement menés s’inscrit dans un contexte global de compréhension des cycles du carbone et de l’azote au sein des écosystèmes forestiers face aux changements climatiques. Dès mon recrutement en septembre 2007 au sein de l’équipe écophysiologie végétale du laboratoire Ecologie Systématique et Evolution, mon objectif a été de compléter les compétences et les connaissances de l’équipe écophysiologie végétale sur le fonctionnement des écosystèmes forestiers en développant des recherches nouvelles s’intéressant plus particulièrement au fonctionnement azoté du système arbre sol.

Les expérimentations débutées en 2008 se sont intéressées à la variabilité saisonnière de la répartition de l’N chez des chênes dominants de la forêt de Barbeau (77), site expérimental du laboratoire. L’azote est localisé et quantifié dans les différents compartiments du système arbre-sol de chêne mature (feuilles, troncs, xylème, phloème, racines et sol) au cours de l’année en relation avec la phénologie (variations saisonnières). Les différentes formes de l’azote (azote total, protéines solubles et amino-acides) sont étudiées. De plus la localisation et la caractérisation des protéines de réserve sont entreprises par protéomique comparative (électrophorèse 1D-SDS page). L’identification de ces protéines est ensuite possible par LC MS-MS. La variabilité saisonnière des activités enzymatiques (GS, GOGAT, AS et activité protéase) impliquées dans le cycle de l’azote de l’arbre est suivie dans les différents compartiments de l’arbre. Au niveau du compartiment sol, les biomasses microbiennes du sol rhizosphérique et du sol non rhizosphérique sont estimées à chaque saison ainsi que les activités enzymatiques des communautés microbiennes impliquées dans le cycle de l’azote (nitrification/dénitrification).
La thèse de Angélique Gilson a permisd’approfondir ces premiers travaux, avec notamment un intérêt particulier porté à l’effet de l’âge de l’arbre sur les dynamiques de stockage/remobilisation des réserves carbonées et azotées.

Parallèlement à partir de 2009, dans le cadre d’un projet ANR CATS (Carbon Allocation in Tree and Soil), la dynamique de répartition / allocation du carbone et de l’azote dans le système arbre-sol est suivie tout au long de la saison sur de jeunes chênes en pleine forêt. Différents marquages in situ au 13CO2 et au 15NH4NO3 sont effectués tout au long de la saison de croissance de l’arbre. Pour les marquages azote, ces derniers ont lieu soit au niveau du feuillage afin de marquer le pool d’azote foliaire, soit au niveau du sol afin de suivre l’assimilation de l’azote par l’arbre. Dans les 2 cas la dynamique de répartition du carbone et de l’azote dans le système arbre-sol sont suivis en cinétique tout au long des saisons 2009 et 2010. L’impact de la voie d’entrée de l’azote dans l’arbre sur le fonctionnement C et N de l’arbre a été également étudiée en 2012-2013 sur des chênes en pot.

De même depuis 2009, je m’intéresse également à la compréhension du dépérissement de certaines essences forestières (notamment le hêtre). L’objectif est de mettre en évidence les processus écophysiologiques conduisant au dépérissement. Les travaux de M2 et de thèse de Alice Delaporte (2012-15) permettent de mettre en évidence aucune impact du dépérissement sur les teneurs en réserves carbonées et azotées de l’arbre. De même, le fonctionnement hydraulique de l’arbre a été évalué ne mettant en évidence aucune différence entre arbres sains et arbres dépérissant. Des travaux en cours (2014-2015) se focalisent sur l’interface plante-sol et une éventuelle modification de l’activité et de la diversité structurale et fonctionnelle des communautés de micro-organismes rhizosphériques.

Compétences scientifiques et techniques

Ecophysiologie :
Suivi d’expérimentation au champ et en phytotron, suivi de culture,
Marquages isotopiques : carbone 14, carbone 13, azote 15, Suivi du 14C, 13C, 15N dans la plante, la biomasse microbienne et le sol.
Contrôle de conditions de marquage (luminosité, température, humidité, activité spécifique, concentration en CO2 grâce à l’utilisation d’IRGA).

Microbiologie :
Mesure de biomasse microbienne (technique de fumigation-extraction), transformation gfp, dénombrement des bactéries sur milieu gélosé et au microscope à fluorescence (après transformation gfp), immobilisation de microorganismes dans des billes d’alginate, test d’oxydation de divers substrats carbonés par les bactéries (Biolog®), identification bactérienne (Galerie API), évaluation de l’activité microbienne (test 14C-glucose), mesure de la dénitrification potentielle par blocage à l’acétylène.

Biologie moléculaire appliquée à la microbiologie :
RISA (Ribosomal Intergenic Spacer Analysis) pour la comparaison de clones bactériens, TTGE (Temporal Temperature Gradient gel Electrophoresis) pour l’analyse de la diversité microbienne d’un sol.

Techniques analytiques :
Mesure de flux de carbone, dosage de la radioactivité : 14C (compteur à scintillation liquide), dosage C et N dans les végétaux et le sol (Analyseur CN), dosage Carbone Organique Total (TOC), dosage C organique soluble dans l’eau chaude, dosage des sucres solubles dans les végétaux et dans le sol, dosage de protéine, électrophorèse, protéomique comparative.

Physico-chimie du sol :
Suivi de la dégradation de produits phytosanitaires (glyphosate, diuron, 3,4-Dichloroaniline, AMPA), dosages par RP-HPLC (détection UV).

Activités d’enseignements

  • Cours-TP-TD-stages en Licence BOE, Master Ecologie Biodiversité Evolution, Master Enseignements…
  • Cours « Ecologie Fonctionnelle »
  • Cours-TD « L’eau sur terre »
  • Cours-TP « Ecologie des sols » 
  • TD-TP « Physico chimie des sols »
  • Cours « Les isotopes en écologie du sol »
  • Cours TD-TP « Ecologie du paysage, botanique »

Coordinateur de la Mention de Master Biodiversité Ecologie Evolution Université Paris-Saclay
Responsable U-PSUD du master 1 Biodiversité Ecologie Evolution Université Paris-Saclay
Responsable de différents modules de MASTER BEE : ECOF, METO, SOLT, PAIMPONT

Responsable gestion salle de TP d’Ecologie

Curriculum Vitae

2007 Maître de Conférences en Ecologie section 67. Université Paris Sud Orsay, Laboratoire d’Ecologie, Systématique et Evolution UMR 8079. Débuté le 01/09/07
2006 Post-Doc. Equipe Dépollution Biologique des Sols Université de Haute Alsace-Colmar
2005 ATER/Post-Doc. IUT Génie Biologique Colmar, laboratoire Gestion des Risques et Environnement Colmar
2004 ATER/Post-Doc. Université Louis Pasteur Strasbourg, Centre d’Ecologie Végétale, Institut de Botanique de Strasbourg
2001-2004 Doctorat « Sciences Agronomiques ». Institut National Polytechnique de Lorraine INPL
2001 D.E.A. « Sciences Agronomiques ». ENSAIA Nancy Ecole nationale Supérieure des Industries Agro-Alimentaires, Institut National Polytechnique de Lorraine INPL

Publications

Terrigeol, A.,Indorf, M., Jouhanique, T., Tanguy, F.,Hoareau, D.,Rahimian, V., Cheraiet, A.,Miedziejewski, A., Bazot S., Lata, JC., Mathieu, J., Hannot, C., Dreuillaux, JM., Zanella, A. (2017). Short communication : Study of soil–vegetation relationships on the Butte Montceau in Fontainebleau, France : pedagogical exercise and training report. Applied Soil Ecology. DOI 10.1016/j.apsoil.2017.07.021.

Delaporte A., Zanella A., Bugeat M., Damesin C., Bazot S. (2017). Structural and functional differences in the belowground compartment of healthy and declining beech trees. Applied Soil Ecology. Volumes 117–118, September 2017, Pages 106-116.

Bazot S., Fresneau C, Damesin C, Barthes L. (2016). Contribution of previous year’s leaf N and soil N uptake to current year’s leaf growth in sessile oak. Biogeosciences, 13, 3475-3484.

Bazot S., Fresneau C, Damesin C, Barthes L. (2016). Contribution of previous year’s leaf N and soil N uptake to current year’s leaf growth in sessile oak. Biogeosciences Discuss., doi:10.5194/bg-2016-59.

Delaporte A., Bazot S., Damesin C. (2016). Reduced stem growth, but no reserve depletion or hydraulic impairment in beech suffering from long-term decline. Trees structure and function, Issue 1, pp265-279.

Granda E, Bazot S., Fresneau C, Boura A, Faccioni G, Damesin C (2015). Integrating inter- and intra-annual tree-ring width, carbon isotopes and anatomy : responses to climate variability in a temperate oak forest. Geophysical Research Abstracts Vol. 17, EGU2015-807-1.

Delpierre N, Vitasse Y, Chuine I, Guillemot J, Bazot S., Rathgeber CB (2015). Temperate and boreal forest tree phenology : from organ-scale processes to terrestrial ecosystem models. Annals of Forest Science:1-21.

Gilson A., Barthes L., Delpierre N., Dufrêne E., Fresneau C., Bazot S. (2014). Seasonal changes in carbon and nitrogen compound concentrations in a Quercus petraea chronosequence. Tree Physiology, 34, 716–729.

Bazot S., Barthes L., Blanot D., Fresneau C. (2013). Distribution of non-structural nitrogen and carbohydrate compounds in mature oak trees in a temperate forest at four key phenological stages. Trees structure and function, 27(4), 1023-1034.

Delaporte A, Bazot S., Fresneau C, Damesin C. (2013). What are the functional mechanisms underlying forest decline ? A case study on a European beech (Fagus sylvatica L.) stand. In EGU General Assembly Conference Abstracts, p 10603.

Gilson A, Bazot S., Barthes L, Delpierre N, Fresneau C, Audebert L, Dufrêne E. (2013). Tree age-related effects on seasonal dynamics of carbon reserves in Quercus petraea : an in situ experimental approach. In EGU General Assembly Conference Abstracts, p 10698.

Damesin C., Bazot S., Fresneau C. (2012). Soluble sugars and starch extraction from plant tissues for isotope analysis. Protocols in ecological & environmental plant physiology, Promotheus wiki http://prometheuswiki.publish.csiro...

Epron D., Ngao J., Dannoura M., Bakker MR., Zeller B., Bazot S., Priault P., Plain C., Lata JC., Bosc A., Barthes L., Loustau D. (2011). Seasonal variations of belowground carbon transfer assessed by in situ 13CO2 pulse labelling of trees. Biogeosciences, 8(5), 1153-1168.

Bazot S., Lebeau, T (2009). Effect of immobilization of a bacterial consortium on diuron dissipation and community dynamics. Bioresource Technology. 100, 1 : 4257-4261.

Braud A., Jézéquel K., Bazot S., Lebeau T. (2009). Enhanced phytoextraction of an agricultural Cr- and Pb-contaminated soil by bioaugmentation with siderophore-producing bacteria. Chemosphere, 74, 2 : 280-286.

Bazot S., Lebeau T. (2008). Simultaneous mineralization of glyphosate and diuron by a consortium of three bacteria as free- and/or immobilized-cells. Applied Microbiology and Biotechnology. 77 : 1351-1358.

Bazot S., Blum H., Robin C. (2008). Nitrogen rhizodeposition assessed by a 15NH3 shoot pulse-labelling of Lolium perenne L. grown on soil exposed to 9 years of CO2 enrichment. Environmental and Experimental Botany. 63 (1-3) : 410-405.

Ngao J, Berveiller D, Eglin T, Bazot S., Pontailler J, Damesin C (2008). Assessing the determinism of the seasonal variations of trunk CO2 efflux by combining field-isotopic composition monitoring and process-based modeling. AGU Fall Meeting Abstracts. 1:0343.

Bazot S., Bois P., Joyeux C., Lebeau T. (2007) Co-immobilization of Arthrobacter sp. and Delftia acidovorans for the total mineralization of diuron. Biotechnology letters. 29 (5) : 749-754.

Bazot S., Ulff L., Blum H., Nguyen C., Robin C. (2006). Effects of elevated CO2 concentration on rhizodeposition of Lolium perenne grown on soil exposed to 9 years of CO2 enrichment. Soil Biology & Biochemistry. 38 (4) : 729-736.

Allard V., Bazot S, Blum H.,Newton P.C.D., Robin C. (2006). Impact of elevated CO2 on rhizodeposition of ryegrass grown on soils exposed to CO2 enrichment. Proceedings of the final COST 631 meeting “From Understanding and modelling to application : managing the natural potential of the rhizosphere for designing rhizosphere technologies”. P. Tlustoš, J. Száková (eds). Prague 21-23 April 2006. p. 34. ISBN 80-213-1481-8.

Bazot S., Mikola J., Nguyen C., Robin C. (2005). Do defoliation-induced changes in C allocation of field-grown Lolium perenne affect C availability, microbes and microbial feeders in soil ? Functional Ecology. 19 (5) : 886-896.

Bazot S. (2005). Contribution à l’étude de l’allocation des photoassimilats récents dans la plante et la rhizosphère chez une graminée pérenne (Lolium perenne L.). Thèse de doctorat, Institut National Polytechnique de Lorraine, Vandoeuvre les Nancy, 174p.

Bazot S., Tavernier J, Plantureux S., Robin C. (2004). Carbon partitioning into plant soil system of rye grass (Lolium perenne) sward after defoliation. In Land use systems in grassland-dominated regions. Grassland Science in Europe. Volume 9 pp 1231 (Switzerland). ISBN : 3-72812940-2.

Gueritaine G., Bazot S., Darmency H (2003) Emergence and growth of hybrids between Brassica napus and Raphanus raphanistrum. New Phytologist.158, 3 : 561-567.