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Réarrangements massifs entre chromosomes sexuels chez les champignons : l’apport de la révolution PacBio

Les chromosomes sexuels possèdent souvent de larges régions dans lesquelles la recombinaison est supprimée, et qui montrent en conséquence une grande divergence et des signes de dégénérescence. Ces régions génomiques accumulent de nombreuses séquences répétées et sont donc souvent difficiles à assembler. Cela est également le cas pour les chromosomes portant les gènes de types sexuels chez certains champignons, en particulier les champignons pathogènes de plantes du genre Microbotryum. Un projet financé par une ERC et par l’IDEEV, en
collaboration entre des équipes de l’ESE et du Moulon, vient de révéler que la nouvelle chimie de Pacific Bioscience permet un assemblage complet d’un génome de /Microbotryum/, y compris des régions très répétées comme les centromères et les chromosomes de types sexuels.
L’assemblage montre que la recombinaison est supprimée sur près de 90%
des chromosomes de types sexuels et qu’il y a eu des réarrangements massifs et une forte dégénérescence, avec des pertes de centaines de gènes sur l’un ou l’autre des chromosomes et une accumulation énorme de séquences répétées (Badouin et al. 2015 Genetics publié en ligne).