Début 2019, le groupe Biodiversity Dynamics de l’équipe EPC du labo Ecologie, Systématique & Evolution à Orsay souhaite recruter 6 Master 2 pour leur stage de recherche longue durée. Tous les sujets (sauf un) impliquent des approches d’analyses de grands jeux de données et/ou de modélisation statistique dans un cadre macroécologique de compréhension de l’effet des changements globaux sur la biodiversité. Voici l’intitulé de ces projets :

 

  1. Effets du changement climatique sur l’adéquation entre la distribution des espèces charismatiques et leurs aires protégées
  2. « Profiling » des oiseaux envahissants : détermination d’un profil écologique et identification de futures espèces envahissantes
  3. Analyse des traits d’histoire de vie des espèces vulnérables aux invasions biologiques
  4. Analyse du coût économique des espèces envahissantes à l’échelle mondiale
  5. Etude des différentes dimensions de la diversité insulaire afin de proposer des recommandations de conservation
  6. Dysfonctionnement d’un service écosystémique de régulation par prédation en contexte agricole périurbain et solutions de remédiation (M2 Pro)

 

Des descriptifs plus complets seront publiés à la rentrée, l’objectif ici étant de fournir une idée des stages à venir dans notre groupe avant que les étudiants n’aient finalisé leur choix d’UE de M2. Les contacts avec les différents encadrants seront à privilégier une fois que les annonces définitives seront publiées (fin septembre), la sélection se faisant rapidement après. Voici néanmoins quelques indications supplémentaires sur chacun de ces 6 thèmes.

 

  1. Effets du changement climatique sur l’adéquation entre la distribution des espèces charismatiques et leurs aires protégées

L’un des effets les plus immédiats du changement climatique sur la biodiversité est la modification des aires de répartition des espèces, avec l’observation généralisée de décalages relativement rapides de ces aires vers les pôles. L’objectif de ce stage est l’estimation quantitative des disponibilités d’habitats protégés dans le futur, pour plusieurs espèces très charismatiques de grands mammifères en Afrique, et donc à valeur particulière pour les programmes de conservation de cette région du monde. Ces estimations se feront d’une part en prenant en compte les aires de distribution actuelles de chacune de ces espèces, et en y appliquant un certain nombre de filtres successifs prenant en compte la présence de niche climatique favorable, le type d’habitat, le degré d’anthropisation et le niveau de protection des aires considérées. Ces estimations devraient permettre de quantifier le degré de recouvrement entre les distributions potentielles des espèces focales dans le futur, et les aires protégées actuelles. Idéalement, on pourra également comparer ces distributions avec les prédictions d’aires anthropisées (agricoles, urbaines, …) dans le même horizon temporel. Ces différentes étapes mettront en jeu des modèles statistiques de type Modèles de Distribution d’Espèces (SDM) pour les estimations des aires climatiques favorables présentes et futures.

 

Ce stage requerra une forte affinité avec la modélisation statistique et la programmation sous le logiciel R. En particulier, il est envisagé d’appliquer de nouvelles méthodologies pour l’estimation de la niche climatique des espèces, ce qui requerra un important travail de programmation.

 

Le stage sera encadré par Franck Courchamp (franck.courchamp@u-psud.fr) et Boris Leroy (boris.leroy@mnhn.fr).

Stage 2019 Boris Franck

 

  1. « Profiling » des oiseaux envahissants : détermination d’un profil écologique et identification de futures espèces envahissantes

L’objectif de ce stage est d’utiliser des modèles statistiques pour inférer la probabilité d’une espèce d’être envahissante à partir de son profil écologique. Cette probabilité serait établie par des modèles basés sur une base de données comportant des traits morpho-anatomiques et/ou écologiques pour un très grand nombre d’espèces, envahissantes ou non. Les sous-objectifs sont (i) de « nettoyer » et si possible compléter une base de données importante (déjà disponible) sur les traits écologiques des oiseaux, (ii) d’établir le profil écologique des oiseaux envahissants à partir de modèles statistiques (déjà établis au laboratoire) utilisant cette base de données et (iii) d’utiliser ce profil pour déceler dans la base de données quels pourraient être les futures espèces envahissantes, celles ayant le même profil écologique que les espèces déjà envahissantes. Si le temps le permet et que le candidat en a les compétences, il serait ensuite souhaitable d’établir les aires potentiellement envahies par ces futurs envahisseurs à l’aide de Modèles de Distributions d’Espèces (SDM).

 

L’étudiant(e) devra s’intéresser aux approches d’analyses de grands jeux de données et maîtriser les outils statistiques et de programmation sous R. Une expérience avec les SDM serait un plus. Les travaux demandés ont déjà été réalisés sous une autre base de données concernant un autre taxon, donc la feuille de route et les méthodes sont développées et disponibles, mais le projet reste particulièrement ambitieux en termes de quantité de travail et de nombre de méthodes à utiliser.

Le stage sera encadré par Franck Courchamp (franck.courchamp@u-psud.fr) et Céline Bellard (celine.bellard@u-psud.fr).

Stage 2019 Céline Franck
  1. Analyse des traits d’histoire de vie des espèces vulnérables aux invasions biologiques

L’objectif de ce stage est de déterminer les caractéristiques et les traits d’histoire de vie des espèces et des communautés insulaires menacées par les invasions biologiques. Les différentes questions qui pourraient être abordées sont les suivantes : « Est-il possible d’identifier les traits d’histoire de vie des mammifères invasifs associés à un impact élevé sur les espèces et communautés envahies ? » « Quelles sont les caractéristiques des espèces et des communautés vulnérables ? » « Observe-t-on une variation spatiale des résultats obtenus ? » Dans le cadre de ce stage, l’étudiant(e) devra collecter les données de traits d’histoire de vie des espèces (i) dans des bases de données déjà identifiées et (ii) grâce à une recherche bibliographique qu’il(elle) mènera. L’étudiant(e) sera aussi en charge de gérer la compilation de ces données sous le logiciel R, puis de mener des analyses statistiques (GLMs, modèles nuls, profilage d’espèces) afin de déterminer les traits associés à une vulnérabilité élevée.

 

L’étudiant(e) doit avoir un attrait pour la macro-écologie et la biogéographie de manière plus générale. Ce stage se fera exclusivement sous le logiciel R, il doit donc montrer un intérêt important pour la programmation et une maîtrise des outils informatiques (R et SIG), ainsi que de bonnes capacités de synthèse.

Le stage sera encadré par Céline Bellard (celine.bellard@u-psud.fr).

Stage 2019 Bellard C
  1. Analyse du coût économique des espèces envahissantes à l’échelle mondiale

L’objectif de ce stage est de synthétiser et d’analyser les impacts économiques de certaines espèces envahissantes (animales ou végétales) à une large échelle (nationale, régionale ou mondiale). Ces analyses seront centrées sur certains groupes taxonomiques, sur certaines régions ou sur certains marchés économiques (ex agriculture, foresterie, …), le centrage en question restant à définir.

 

Dans le cadre de ce stage, l’étudiant(e) focalisera son étude sur une partie d’une importante base de données (disponible au début du stage) récapitulant une grande partie des travaux (publiés ou non) sur les coûts économiques associés aux espèces envahissantes dans le monde. Le(la) candidat(e) sélectionné(e) aura pour objectifs de compléter la base de données et faire l’investigation de questions en lien avec l’écologie des espèces concernées et la typologie des conséquences économiques associées à leur processus d’invasion.

 

Des connaissances en écologie (au sens large) et analyses statistiques sont souhaitées. Un intérêt pour (voire une expérience de) l’économie de l’environnement serait un plus. Les analyses de données seront effectuées sous le logiciel R.

Le stage sera encadré par Christophe Diagne (christophe.diagne@u-psud.fr).

Stage 2019 Diagne C
  1. Etude des différentes dimensions de la diversité insulaire afin de proposer des recommandations de conservation

L’objectif de ce stage est d’analyser les différentes facettes de la diversité (taxonomique, fonctionnelle et phylogénétique) à l’échelle mondiale pour ensuite définir des priorités de conservation pour les biotes insulaires.

 

Dans le cadre de ce stage, l’étudiant(e) sera amené(e) à collecter les données de phylogénie dans des bases de données déjà identifiées, de compiler les données et d’effectuer les analyses de diversité phylogénétique de vertébrés (oiseaux ou mammifères). Différents indices de diversité comme la richesse, la divergence ou encore la régularité pourront être utilisés. Les résultats obtenus seront par la suite confrontés aux données de diversité taxonomique et fonctionnelle déjà obtenues pour définir des priorités de conservation via l’utilisation de méthode multicritères.

 

L’ensemble des analyses sera mené sous le logiciel R et des logiciels SIG.

Le stage sera encadré par Camille Leclerc (camille.leclerc@u-psud.fr) et Céline Bellard (celine.bellard@u-psud.fr).

Stage 2019 Leclerc C

 

  1. Dysfonctionnement d’un service écosystémique de régulation par prédation en contexte agricole périurbain et solutions de remédiation

Pour ce stage de Master 2, plutôt à perspective professionnalisante, 4 sous-objectifs seront à réaliser :

(i) Suivis faunistique de biodiversité dans un agroécosystème peri-urbain, par des techniques classiques de pièges-cages non blessants, écoute de chants d’oiseaux et comptages nocturnes

(ii) ces suivis faunistiques seront à mettre en lien avec le régime alimentaire de prédateurs supérieurs (chats et renards) précédemment étudiés sur 2 années consécutives pour mettre en évidence un possible dysfonctionnement de la fonction de régulation de proies susceptibles de causer des dommages aux cultures.

(iii) quantification des pertes des rendements agricoles dues à la diminution de la pression de prédation d’espèces pouvant causer des dommages aux cultures les rendements agricoles (ex rongeurs, oiseaux).

(iv) proposition, par les données recueillies, mais également par une recherche bibliographique, de possibilités de remédiation, afin de tester in natura des méthodes d’effarouchement pour limiter les dégâts aux cultures tout en favorisant la biodiversité et les services écosystémiques.

 

Le profil recherché pour ce projet recherche appliquée/gestion implique de bonnes compétences naturalistes, une bonne autonomie sur le terrain (permis voiture indispensable), un bon relationnel afin d’interagir avec des professionnels du monde agricole et associatif naturaliste, mais aussi des compétences de base en analyses statistiques sous R et en logiciel de SIG.

Le stage sera encadré par Elsa Bonnaud (elsa.bonnaud@u-psud.fr).

Stage 2019 Elsa Bonnaud